Il diritto di detrazione può avere delle limitazioni sia di carattere oggettivo che soggettivo, oggettivo: limitate alla natura del bene o servizio acquistato(detrazione limitata in tutto o in parte); soggettivo: detrazione esercitabile solo pro-quota o del tutto esclusa al decorrere di due situazioni, prima, colui che sceglie di beneficiare di una serie di semplificazioni per le operazioni, esenti da imposta ma si preclude la possibilità di esercitare la detrazione dell'IVA sugli acquisti, seconda, soggetti in regime di pro-rata di detrazione, cioè coloro che svolgono contemporaneamente un'attività imponibile e una esente, l'operatore potrà recuperare in detrazione l'imposta sugli acquisti nei limiti della percentuale di detraibilità collegate alle operazioni imponibili effettuate. Per quanto riguarda il calcolo della pro-rata, l'art 19 bis comma 2, indica una serie di operazioni esenti. La Commissione Tributaria Regionale di Milano è intervenuta per chiarire i limiti per il calcolo del pro-rata laddove l'holding mista, svolge attività verso le controllate di vendita ma anche una di partecipazione e di prestiti, secondo i giudici di Milano queste attività non devono confluire nel caso del pro-rata in quanto sono collaterali all'attività tipica esercitata nei confronti delle controllate.